건축허가를 득하고 토목공사를 개시한 시점을 건설에 착공한 시점으로 볼 수 있는지 여부

물류창고 신축을 위한 선행공사로서 실질적인 토목공사를 시작한 날 업무에 사용하기 위해 건설에 착공한 토지로 볼 수 있으나, 착공여부는 사실판단 사항

○A법인의 토목공사 기간은 부지정지만을 위한 것이 아니고 창고신축을 전제로 물류창고 허가에 의하여 연속적으로 이루어지는 전체공사 과정에 속하는 바,

-건축허가를 득하고 토목공사를 개시한 시점을 ｢법인세법 시행규칙｣ 제46조의2제1항제5호의 “건설에 착공한 시점”으로 볼 수 있는지 여부

2. 사실관계

○A법인은 물류사업(운수업 중 보관창고업)을 영위할 목적으로 **..**. 설립된 법인으로

-물류시설인 창고 건물을 건설하기 위해 경기도 도시계획상 유통산업단지로 결정고시된 지역 소재 토지(이하 “사업부지”라 함)를 취득하여 다음과 같이 개발을 진행하였음

순서

일자

개발진행 내용

1

**..**.

법인설립 등기

2

**..**.

사업부지(개인소유 토지) 사용 승락

3

**..**.

개발행위 허가 신청(형질변경, 공작물설치 등)

4

**..**.

토지1 소유권 취득

5

**..**.

도시관리계획(지구단위계획(지목용도변경))결정고시

6

**..**.

개발계획 허가(형질변경 등)

7

**..**.

토지개발사업 시행 지적(지번) 확정

8

**..**.

토지2 소유권 취득

9

**..**.

물류시설 창고 건축허가 취득

10

**..**.

토지 중 임야 형질변경 토목공사 착공

11

**..**.

토지 중 임야 형질변경 토목공사 준공

12

**..**.

건축을 위한 토지지반공사 착공

○A법인은 창고 건축에 ○○○억 상당의 자금이 소요되어 은행 차입을 시도하였으나, 5차례 신문광고를 통해서도 화주를 구하지 못하여 금융기관 대출이 불가능한 상황에서

• 외국컨설팅회사의 소개로 B법인(외국물류부동산투자회사)과 매각 준비를 위한 MOU(양해각서)를 체결하고, A법인에 대한 실사과정을 거쳐 **..**. 사업부지 매매계약을 체결함

※ 사업권양수도 계약서는 A법인의 창고허가권과 그에 부수되는 모든 권리를 양도하는 계약서이며, B법인은 A법인의 허가권을 명의변경만 하면 됨

3. 관련 법령

○ 법인세법 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

○ 법인세법시행령 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제55조의2제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간

○ 법인세법시행규칙 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제92조의11제1항제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)